Op elk van de IRIS-scholen functioneert een medezeggenschapsraad (MR), waarin personeelsleden, ouders en leerlingen zitting hebben. De MR overlegt met de rector/directeur van de school.

Naast en boven de medezeggenschapsraden functioneert vanaf mei 2000 de gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). De GMR bestaat uit 12 leden, twee van elke school, te weten één lid gekozen uit het personeel en één lid gekozen uit de ouders. De GMR overlegt met het college van bestuur.

De GMR van IRIS bestaat uit:

Eerste Christelijk Lyceum
Martijn Waller PG (personeelsgeleding) 
Sara Davids (leerlinggeleding)

HBM
Robbie de Wit PG
Kim Retra OG (oudergeleding)

Vakcollege Thamen
Saskia Reijns PG
Kim de Vries OG

KSH
Jay Burgemeester (PG)
Ercan Ertugral OG

Herbert Vissers College
Marco Schoorl PG (voorzitter)
Arno Gerrits OG

Kaj Munk College
Doatske de Haan PG (secretaris)
Martin Blonk OG